A protagonista, Shanoa, é escolhida para dominar o glyph supremo conhecido como Dominus, mas acaba perdendo suas memórias e habilidades logo no início do game. O grande diferencial do jogo está justamente no sistema de Glyphs, que substitui o uso tradicional de armas por habilidades absorvidas de inimigos e do ambiente. O jogador pode equipar diferentes glyphs em cada mão, criando combinações que misturam ataques físicos e mágicos. Além disso, Order of Ecclesia apresenta um mapa dividido em várias regiões distintas, como vilas, montanhas e cavernas, até liberar o tradicional castelo do Drácula.